1. Статистика просмотров в в CMS Joomla формируется при старте загрузки страницы, метрика получает данные когда страница полностью загружена (не считая картинок). Соответственно если пользователь слишком быстро ушел со страницы, метрика данные не получит, а просмотрах админки на один просмотр будет увеличение.
2. Если в браузере отключен JavaScript или стоят дополнительные плагины защиты, которые ограничиваю действия JS, то метрика не посчитае посещение, поскольку она работает на чистом JavsScript. Таких пользователей мало, но для ясности этот пункт упомянаю.
3. Метрика отличает реального пользователя от робота, Joomla - нет. К примеру на наш сайт зашел поисковый робот (такое происходит от 1 до нескольких раз в день, надо логи сервера смотреть) или зашел спам бот для автозаполнения форм спамом. Статистика в админке будет считать их посещение, в яндекс подобное посещение не будет фиксироваться (что как мне кажется очень правильно).
4. Есть и другие особенности, но они больше связаны с технологией работы метрики - об этом более подробно пишут разработчики в блоге яндекса.

Вывод: рекомендую при анализе посещений вообще не ориентироваться на просмотры в административной панели (я кстати сколько работаю с крупными сайтами ни разу не видел чтобы компания ориентировалась на статистику из системы управления). Метрика предоставляет более точные данные, хотя возможно цифры не такие большие. Кроме того, для аналитики не лишне иметь счетчик от Google Analitycs. Там статистика тоже будет отличаться от Яндекса, но всё же лучше ориентироваться на средние показатели обоих систем статистики.