Столкнулся с простой задачей - в обычном всплывающем окне надо сделать ссылку "закрыть окно". Что может быть проще? - думал я. В документации сказано, что нужно выполнить:

$.fancybox.close()

Но я не учел кое-что. Действие нужно выполнить для родительского окна, по отношению к ссылке. Соотетственно ссылка должна выглядеть следущим образом:

<a href="javascript:;" class="close_fancybox" onclick="parent.$.fancybox.close()">Закрыть окно</a>

В этом случае всё отлично работает.